Als de hoeveelheid goede bacteriën verminderd en de slechte organismen toenemen ontstaat ziekte.  Er zijn een aantal factoren die de balans van organismen in de darmen kan verstoren en leiden tot overmatige groei van de minder wenselijke organismen.

De belangrijkste factoren zijn:

• Gebruik van antibiotica
• Het gebruik van de pil
• Het gebruik van andere hormonen, vooral immunosuppressiva zoals steroïden
• Dieet
• Alcohol
• Spanning

Waarschijnlijk is de meest belangrijke factor het gebruik van breedspectrum-antibiotica. Deze medicijnen discrimineren niet tussen goede en ziekteverwekkende bacteriën. Dit betekent dat elke keer dat je één van deze medicijnen voor een infectie inneemt je, naast de slechte ziekteveroorzakende bacterien, ook de goede bacterien uitroeit. En de goede bacterien beschermen je tegen de potentieel schadelijke, darmbewoners. Dit is al heel lang bekend gegeven.

Er is echter niet veel onderzoek gedaan naar bij mensen met Candida , omdat men het niet eens kan worden over de testmethoden en het een vrij nieuw onderzoeksgebied is.

Er wordt nu wel geëxperimenteerd met het testen op de overgroei van bacteriën in de dunne (SIBO) echter, zo zijn er in de Verenigde Staten adem waterstof testen. Die testen op twee gassen: methaan en waterstof. In Nederland is dit echter nog niet mogelijk.

Er is ook veel onderzoek gedaan bij dieren waaruit blijkt dat zowel de antibiotica als steroïden vaak een aanzienlijke verhoging van Candida en pathogene bacteriële kolonisatie veroorzaakt als gevolg van de vernietiging van de vriendelijke bacteriën en de onderdrukking van de immunologische afweer.

Eén resultaat van antibiotica die onbetwist is, is de door antibiotica veroorzaakte diarree waarvan wordt aangenomen dat dit voornamelijk wordt veroorzaakt door een ‘Clostridium difficile’ infectie. Deze ontstaat als de bacterie, de C.difficile, zich zo heeft vermeerderd dat de balans verstoord is. Het werkt hetzelfde als de Candida Albicans bacterie. De bacterien zijn van nature in de darm aanwezig en geven geen klachten maar als ze met teveel zijn verslaan ze de goedaardige bacterien en nemen ze de overhand en ontstaan er ziektebeelden. Bij de C.difficile is dat diaree. In de V.S. stond de teller in  maart 2005 op 3 miljoen per jaar. Deze bacterie wordt gezien als een ziekenhuisbacterie, in juli 2005 was er in Nederland een uitbraak van een agressieve vorm van deze bacterie die zorgde voor veel ophef. Bij zieke en verzwakte mensen die breedspectrum antibiotica gebruikten kon deze bacterie de mensen zo erg verzwakken dat ze konden overlijden. Maar zoals ik al zei, iedereen heeft de bacterie in zijn lichaam en het levert doorgaans geen levensbedreigende situaties op bij gezonde mensen.

Een infectie met C.difficile is wel moeilijk te behandelen. Tot voor kort werd antibiotica gezien als een wondermiddel zonder bijwerkingen. Maar er zijn echter bijwerkingen die aanzienlijk kunnen zijn en de gevolgen van de verstoring in de darmflora en de algehele darmgezondheid zijn breed en het onderzoek hiernaar staat nog in de kinderschoenen.